Die Geschichte der Protestanten in Lyon ist tiefgreifend und verbunden mit dem Wandel der Stadt selbst. Im 16. Epoche erlebte Lyon eine Aufschwung des Calvinismus, wobei etliche Händler und gebildete Persönlichkeiten sich dem neuen Glauben zuwandten. Diese erste Präsenz führte zu einer lebendigen reformierten Gemeinschaft, die jedoch auch bedeu